本網站依無障礙網頁設計原則建置，網站的主要內容分為四大區塊：
　1. 上方功能區塊、2. 左方導覽區塊、3. 中央內容區塊、4.右方相關連結區塊。
　本網站的快速鍵﹝Accesskey﹞設定如下：
　Alt+U：上方功能區塊，包括綜合規劃司、學校衛生首頁、聯絡我們、網站導覽等。
　Alt+L：左方導覽區塊，為本網站的主選單區。
　Alt+C：中央內容區塊，為本頁主要內容區。

　1. 首頁
　2. 最新消息
　3. 法令規定
　4. 相關計畫
　5. 活動及宣導
　　5.1 大專校院學校衛生活動
　　5.2 禽流感防疫專區
　　5.3 MERS-CoV專區
　　5.4 伊波拉病毒感染防疫專區
　　5.5 狂犬病防疫專區
　　5.6 校園食品安全專區
　　5.7 大專校院校園性教育(含愛滋病防治)
　　5.8 其他傳染病防疫專區
　6. 新聞稿
　　6.1 本部新聞稿
　　6.2 其他單位新聞稿
　7. 統計資料
　8. 資料下載
　9. 相關網站
　10.常見問答
　　 10.1 傳染病防治
　11.登革熱防疫專區
　　 11.1 首頁
　　 11.2 最新消息
　　 11.3 相關規定
　　 11.4 防治資訊教材
　　 11.5 教育宣導
　　 11.6 常見問答
　12.新型流感專區
　　 12.1 首頁
　　 12.2 最新消息
　　 12.3 相關規定
　　 12.4 教育宣導
　　 12.5 網站連結
　　 12.6 常見問答
　13.網站問題反映